A pesar de que su origen es muy incierto, algunas personas indican que los principios del Sudoku se dieron en la ciudad en Nueva York, a finales de los años 70's. En ese entonces y por obvias razones no era llamado Sudoku sino simplemente Number Place (Números en su lugar), siendo publicado por la revista Math Puzzles and Logic Problems.

Posteriormente la empresa japonesa Nikoli, siendo especialista en pasatiempos para periódicos y prensa en general, lo trajo al país del sol naciente publicándolo en el periódico local Monthly Nikolist en abril de 1984, con el nombre "Sūji wa dokushin ni kagiru", que se puede traducir como "los números deben estar solos". Fue el presidente de Nikoli, Kaji Maki, quien lo bautizó con el nombre de Sūdoku (sū = número, doku = solo). Ya en el año de 1986, la empresa Nikoli introdujo dos variaciones innovadoras que garantizarían el éxito del puzzle o rompecabezas; uno fue, que el número de cifras que venían planteadas en el tablero estarían restringidas aun máximo de 30 números y el segundo fue que los rompecabezas serían simétricos.

Después de otras modificaciones, se dio lugar a la fórmula que hoy es tan exitosa. De esta manera el Sudoku se expandió por todos los periódicos japoneses, y así dio el gran salto al resto del mundo.

Posteriormente y después de muchos éxitos y popularidad, nació en 1989 la primer versión digital del Sudoku, creada por la empresa Loadstar Softdisk Publishing, con el nombre de DigitHunt, y de esta manera fue implantada en la plataforma Commodore 64.

Luego de varios años, propiamente en 1997, el juez Wayne Gould; durante unas vacaciones en Japón, encontró una revista de Sudoku y se dio cuenta que esto tenía una gran aceptación entre los ciudadanos japoneses. De esta manera la oferta de publicación le fue enviada al periódicoLondinense, The Times, el cuál publicó el primer pasatiempo el 12 de noviembre de 2004. Y varios días después, se abrió la puerta para que toda la prensa británica había republicara este puzzle en sus periódicos.

Actualmente varios periódicos norteamericanos y de todo el mundo publican en sus páginas el popular rompecabezas en sus páginas.

La historia del Sudoku se hizo grande ya en el año 2005, donde cientos de periódicos de todo el mundo lo publicaban diariamente, además ya de encontrarse en el mercado juegos tanto como para PC como para diferentes consolas. Y en verano de ese mismo año, el Sudoku realizó su primera aparición en la televisión; donde fue presentada por el canal británico Sky One. El programa consistía en tener a nueve equipos con nueve jugadores cada uno. Además los televidentes también participaban de forma interactiva. Desafortunadamente el programa no tuvo el éxito que se esperaba, ya que se demostró la dificultad de adaptar un juego como el Sudoku a la televisión.

De todas maneras, el Sudoku continuó con un alto nivel de popularidad en todo el mundo, lo que lo llevo a ser merecedor de un Guiness Record, donde en una colina cerca de Bristol Inglaterra se registró el Sudoku más grande del mundo, con una longitud de 84 metros de largo.

Ya en el 2007 la popularidad y el éxito del pasatiempo Sudoku se ha vuelto una fiebre mundial, que ha permitido a miles de personas convertirse en adictas a este puzzle. Formando comunidades en Internet, creando foros o grupos para hallar soluciones y compartir experiencias de tableros de juego cada vez más complicados.

El escritor Agustín Fonseca presenta un sencillo resumen sobre la historia del Sudoku en su libro "Los mejores Sudokus: 200 enigmas orientales".

»El matemático suizo Leonard Euler, en el siglo XVII, describió los cuadrados latinos de probabilidades como una curiosidad. Siendo este el principio del Sudoku.
»En el año de 1970 Walter MacKey lo publicó como puzzle Number Place en la revista Math Puzzles and Logic Problems.
»En 1984 la editorial japonesa Nikoli lo publica con el nombre original, Süji wa dokushin ni kagiru y luego pasó a abreviarse ha Su Doku (Su = Número, Doku = Sólo: «Números Solos»).
»En 1986 introducen la variedad que los haría más populares: debe haber menos de 30 números como «pistas» en la posición inicial, que además debe ser rotacionalmente simétrica.
»En 1997 el juez Wayne Gould envía algunos Sudokus al diario Londinense, The Times, que los publica en Diciembre del 2004, causando un gran impacto entre los lectores y los demás periódicos.
»Ya en el 2005, el éxito del Sudoku lleva a que muchos periódicos de todo el mundo incluyan Sudokus a diario en sus páginas.
»En el año 2007 la popularidad y el éxito del pasatiempo Sudoku se ha vuelto una fiebre mundial, que ha permitido a miles de personas convertirse en adictas a este puzzle.